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LSKBのVer8.0 メインページからの利用方法の概要の説明　13分

主に、トップページにあるメインメニューから、どのようなことができるかを紹介しています。

LSKB Ver8.0 簡易マニュアル Rev2

LSKB Ver8.0 簡易マニュアル Rev2

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その他のビデオライブラリでは以下の機能や使い方の紹介を行っています。
マニュアルチャンネル

  • LSKB Ver8.0簡易マニュアル（本ビデオと同一）(New)

  • Biomarker探索方法(New)

  • テーブルビュアーの使い方

  • ​テキストマイニング方法の活用方法

  • ElpisMap用ワークフローの使い方

  • LSKB Ver7.0簡易マニュアル

機能紹介チャンネル

  • Worlflow ツール概要紹介

  • GO-MoA解析概要紹介

  • タンパク質をハブとする情報と創薬への展開

メインメニュー概要

Genes

遺伝子に関連する疾患、化合物、アッセイ、パスウェイ、組織別発現情報を参照できます。
【着目ポイント】
・疾患関連は、BERTで評価した関係性のクラス分類や、疾患との関連の強さを複数のデータベースを串刺しにして重みを考慮した疾患ランキングを表示します。
・化合物関連は、アッセイターゲットやMoA、ATC Classなど必要参照情報が一覧できます。
詳細

Proteins

タンパク質に関連する疾患、化合物、アッセイ、Similar Proteinに関する情報を参照できます。
【着目ポイント】
・Similar Proteinで、PoSSuM、BLAST、RPS-Blast、Delta-Blast、CD-Hitで評価したクエリーと類似タンパク質と共通活性化合物を探せます。
・ターゲット関連疾患はUMLSの疾患カテゴリーでまとめられ、疾患を簡単にグループ化できます。
詳細

Drugs/Chemicals

化合物の特許、パスウェイ、Pharmacology、遺伝子、ADMEやToxicityアッセイ、Clinical Trial、Safety情報が参照できます。
【着目ポイント】
・疾患や遺伝子で、MoAとの関係を展開できます。
・SafetyでLiver Toxicity、Adverse Eventが展開できます。
詳細

Diseases

疾患名から、さまざまな方法でターゲットやバイオマーカー、化合物を探索する仕組みを搭載しています。
【着目ポイント】
・疾患からBERT NMLIを使ったバイオマーカーやターゲットとして報告のある着目遺伝子が探せます。
・疾患から見たターゲット遺伝子のGO、文献、MoA、アッセイの化合物情報などどを、有意性指標とともに探せます。
・GO-MoA分析で、機能に着目した方法で、バイオマーカーやターゲット、化合物を探せます。
詳細

Assays

アッセイ情報を検索する機能で、ターゲットと化合物情報を活性値とともに探せます。
【着目ポイント】
・ChEMBL、BioAssayが同時検索できます。
詳細

AssayTargets

Assay Targetのタンパク質キーワードからアッセイ情報を探します。
【着目ポイント】
・幅広いキーワードで検索ができます。
・ChEMBL、BioAssayが同時に表示できます。
・Similar Proteinで、PoSSuM、BLAST、RPS-Blast、Delta-Blast、CD-Hitで評価したクエリーと類似タンパク質と共通活性化合物を探せます。
・ターゲット関連疾患はUMLSの疾患カテゴリーでまとめられ、疾患を簡単にグループ化できます。
詳細

MoA

MoAからターゲットと関連する疾患や薬剤を参照できます。
【着目ポイント】
・ChEMBL, TTDの他、BERTの深層学習で取得したMoAを同時に検索できます。
・アサインされたターゲット、疾患、化合物とClinicalTrial情報を一度に参照できます。
詳細

Toxity & Side Effects

LSKBでピックアップしたToxity & Side Effectsキーワードに関するクラス分析結果です。
【着目ポイント】
・有害事象についてLSKBデータをまとめたテーブルから分析が容易です。
詳細

Trends

2020年から2021年でトレンド化されたキーワードをPubMedのAbstractをから作成しトップ50を表示しています。
【着目ポイント】
・Gene, Function, Chemical, Disease, Taxonomyの新規キーワードを客観的に参照できます。
詳細

Similar Protein Pairs by Disease Classification

同一疾患に対する標的タンパク質を比較し、タンパク質の類似性とタンパク質クラスをまとめた情報を参照できます。
【着目ポイント】
・疾患クラス別に、疾患への治療薬と開発中の薬剤の標的タンパク質に着目しています。
・疾患クラスから、標的タンパク質とその類似タンパク質での実用例を確認することができ、 drug repurposingへの示唆を与えます。
詳細

Data Source

LSKBに利用しているデータソース一覧です。
・データソース一覧と取得日が確認できます。
・Curated Data Sourceで２次的にキュレーションして作成したデータの一覧が確認できます。
詳細

タブメニュー概要

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Main Menu

メインのトピックスメニューを表示します。主に利用する機能やサマリーレポートなどの入り口です。

【着目ポイント】
・遺伝子に関連する疾患、化合物、アッセイ、パスウェイ、組織別発現情報を参照できます。（BERTで評価した関係性のクラス分類や、疾患との関連の強さなど）
・タンパク質から疾患、化合物、アッセイ、Similar Proteinに関する情報を参照できます。
・化合物に関連するPharmacology、遺伝子、ADMEやToxicityを含むアッセイ、Clinical Trial、Safety、特許、パスウェイ情報などが参照できます。
・アッセイ情報は、ターゲットと化合物情報を活性値とともに探せます。
・Assay Targetはタンパク質キーワードからアッセイ情報を探します。
・MoAからターゲットと関連する疾患や薬剤を参照できます。
・Toxicity & Side Effectsでは、各種毒性や副作用タームをクラス分類などとテーブル化し、各Toxicity項目 の詳細へ導きます。
・2020年から2021年でトレンドとして抽出された各キーワードを参照できます。
・疾患分類から共通疾患の標的タンパク質を比較し、タンパク質の類似性とタンパク質クラスをまとめた情報を参照できます。
詳細

Keyword/ID

単一のキーワード・IDから検索するモードで、各種アノテーションの他、重要な関連情報を表示します。ターゲットの機能探索など広く利用できます。

【着目ポイント】
・検索結果に文献の分析による他の項目との関連性を見ることが出来ます。
・遺伝子やタンパク質のターゲットからはアッセイ情報による有意な化合物探索が出来ます。
・疾患キーワードから新しい標的の探索、バイオマーカー探索、GO-MoA解析によるターゲットや化合物探索が出来ます。
・化合物からは構造の類似性によるターゲット予測が行えます。
・組織からは組織別発現データを見ることが出来ます。
詳細

Multiple Keywords/IDs

複数のキーワード・IDから検索を行い、アノテーションリストや複数の関連情報を取り纏め、目的に応じ重要な関連情報をランキング表示します。

【着目ポイント】
・遺伝子やタンパク質から作成済みワークフローによる関連情報の取得が可能です。
・遺伝子やタンパク質からドメインの共通性やPDB情報から 化合物を取得できます。
・複数のターゲットをアノテーション情報に基づきランキングできます。
・発現実験情報を経由してその実験や利用している化合物などの情報を参照できます。（発現実験データはGDS,Array Expressのアノテーションに限定）
・複数の遺伝子から疾患の情報によりランキングするDisease Explorerがここから利用出来ます。
・化合物からはSDFファイルの一括取得やターゲット予測が出来ます。
・Target Explorer では 疾患から複数のデータを串刺し検索により ランキングを伴うターゲット探索が可能です。
・複数の疾患から薬剤のMoAとそのターゲットのGO情報により、生物学的機能をベースとした新しいターゲットや有意な化合物を取得出来ます。
・PMIDのリストからオントロジータームを利用した文献検索のウイザードが利用できます。
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Chemical Structure

化合物構造検索とターゲット予測を行います。

【着目ポイント】
・構造検索はワークフローのアイテムとしており、情報取得の重要な要素になります。
・化合物DB はサブセット化し検索時間の短縮が可能です。
・検索結果から直接化合物の各種アノテーションを参照できます。
・構造から類似性によるターゲット予測と活性値の加重平均による親和性の予測を行います。
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Expression / Valiant Analysis

発現データと変異データの簡易解析が行えます。

【着目ポイント】
・GSEA解析でGO-MoAのGOデータセットを搭載しています。
・変異データ解析にには、SnpEff解析の実行機能を搭載しています。
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Tree Browser

LSKB搭載のデータベースの階層構造をまとめています。

【着目ポイント】
・各データソースから直接アノテーションにリンクし、その後の解析が可能です。
・指定したタームの下の階層のIDをまとめて、マルチ検索に利用することで、優先付などの解析に利用可能です、
・疾患グループからターゲットを求めるときなどに便利です。
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Workflow

LSKB搭載の多彩なデータを最大限利用できるようにするためのツールで、既存のワークフローに加えて、独自の検索パイプラインの構築、カスタマイズが可能です。

【着目ポイント】
・約５０のパーツを準備し、その組み合わせで自由に検索ワークフローを組み立てることが出来ます。
・予め準備したワークフローが利用できます。
・カスタムワークフローを構築できます。
・無いパーツは準備いたします。
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ElpisMap

HTS等のデータ視覚化により、GO, No-Go, No-Needを判断しやすくする意思決定支援ツール

【着目ポイント】
・ディスクリプターに基づくデータの傾向を分析
・化合物をMWなどのディスクリプターで抽象化して散布図を作成
・活性値などのデータでカテゴリ分類し、カテゴリ重心を描画
・カテゴリ重心の移動傾向から全体の傾向を分析
・データ全体の傾向からGO/NO-GO/NO-NEED判定に利用可能
・ワークフローで、公共データよりElpisMap用データが作成できるので公共データと自社データの比較が簡単
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Venn Diagrams

最大３つまでの要素でベン図を作成する機能です。

【着目ポイント】
・異なる手法で求めたターゲットリストから共通ターゲットを抽出できます
・各所の検索結果からIDリストをクリップボードにコピーし、Multi SearchのページでToでVenn Diagramを選んでペーストします
・異なる手法で探索した疾患ID や化合物IDも利用可能
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Job History

バッチ検索やワークフローで実行した結果が保存される場所です。

【着目ポイント】
・バッチ検索やワークフローで実行した結果が保存されます。ジョブの最中にブラウザーを終了しても計算が続けられます。
・メンバー内でのデータの共有機能
・通常、Job History内のデータは７日間で削除されますが、ロックしてデータ保持が可能
・ジョブにコメントを追加する機能
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More…

リクエストなどで作成した一時的な処理プログラムが入っています。

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Biomarker探索方法V8

Biomarker探索方法V8

08:57
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LSKB Ver8.0 簡易マニュアル Rev2

LSKB Ver8.0 簡易マニュアル Rev2

12:54
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ElpisMap用ワークフローの使い方

ElpisMap用ワークフローの使い方

00:32
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テーブルビューアーの使い方

テーブルビューアーの使い方

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テキストマイニング情報の活用方法

テキストマイニング情報の活用方法

06:41
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  • タンパク質をハブとする情報と創薬への展開

機能の紹介

機能の紹介

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Workflow Tool概要紹介

03:28
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GOMoA機能の概要紹介

GOMoA機能の概要紹介

05:14
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タンパク質をハブとする情報と創薬への展開

タンパク質をハブとする情報と創薬への展開

16:21
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