Workflow Manual
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About Workflow
 

LSKBのワークフローツールの基本コンセプトは以下の通り。

  • 簡便な操作で「部品」を組み合わせ、独自の処理手順を編集画面上で構築できる
    (編集画面上でBegin~Endの間に定義されている順に、各部品に対応する処理を実行)

  • 単一処理フローで処理を記述する

    • 条件分岐は伴わない

    • 複数のフローを結合するようなフローは構築しない

    • バッチ処理での実行

    • 処理結果はLSKBに保持

  • 実行時、各々の部品の処理に対応する複数のテーブルに処理結果を保持する

    • 単一のテーブルに処理結果を追記するタイプのWorkflowとは異なる

    • 複数のテーブルの内容を参照して処理を行う部品もある

結果出力時、処理過程で保持されていたテーブルを個別に出力する

起動と初期画面

「Workflow tool 」をクリックするとアプリケーションが動作します。

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起動直後はアプリケーション初期画面が表示されます。ワークフローはなにも定義されていない状態です。

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基本操作

操作画面は3つの部分に分かれています。

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操作画面が表示された後、部品エリアの「部品」を編集エリア上の編集マーカー「▼」上にDrag&Dropすることでワークフローを組み立てることができるようになっています。(編集マーカー上に部品をDragした時点で、編集マーカーの周囲がグレーに変わり、Drop待機状態になっていることがわかります)

common2.png

Drag&Dropで部品を配置すると、その部品をDropした編集マーカーの位置にDropした部品が配置され、画面上では下図のようになります。いったん配置した部品を削除するには、該当する部品の左上にある 「❎」アイコンをクリックします。

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部品エリアの部品一覧の機能
  • 部品エリア中の「部品」はカテゴリごとに表示されており、カテゴリをクリックすることでそのカテゴリの部品の表示・非表示切り替えができます

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  • 使用中の部品のうち、ワークフローで一度しか利用できない部品は、編集エリアにDrag&Dropした時点で部品エリアでは非表示になります

  • 部品エリアの部品は、その時点で利用可能な部品のみが表示され、編集エリアに部品を配置することで「利用可能になる部品」が追加される場合、それらが表示状態になります

  • 編集エリアから部品を削除した場合、利用可能な部品の一覧表示が変化します

  • 編集中、部品を削除することでその後に続く部品が実行できなくなる場合、異常検出時の表示になります

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ボタンの説明
 

機能メニュー上のボタン

操作画面上には、5つのボタンが「機能メニュー」に準備されています。

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button2.png

実行ボタン:現在編集中のWorkflowを実行する

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クリアボタン:現在編集中のWorkflowを全削除する

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ファイル保存ボタン:現在編集中のWorkflowを手元のファイルに保存する

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ダウンロードボタン:サーバ保存済Workflowを読み込む

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アップロードボタン:編集中のWorkflowをサーバに保存して共有する

Workflowの保存と復元
ファイル保存もしくはサーバー上に保存して利用します。
  • ファイル保存ボタンの機能
    現在編集エリアに表示しているワークフローを、手元のPC上にファイルとして保存します。ファイルには拡張子「json」が付与されており、内容はワークフローを保持しているJSONテキストファイルです。(拡張子を変更しない限りファイル名は任意に変更可能)
    なお、手元のPCに保存したファイルの読み込みは、当該ファイルをブラウザの編集エリアにDrag&Dropすることで可能になっています。

     

  • アップロードボタンの機能

現在編集エリアに表示しているワークフローを、サーバ上の共有エリアに保存します。内容は手元のPC上にファイルとして保存する場合と同じです。
この機能でファイルを保存する場合、下図のダイアログが表示されてTitleとCommentを付与することができます。(サーバ上での保存ファイル名は自動的に付与されます)同一Titleのものは同じワークフローとみなされ、新旧の同Titleのワークフローがあれば、最新版と旧版として呼び出しの際に表示されます。

upload1.png
ElpisMap/ScatterPlot連携機能
 

化合物を含む処理結果の解析にElpisMap/ScatterPlotアプリケーションを利用することが可能です。化合物一覧を含むWorkflowの処理末尾に、以下の3つの部品を以下の順で追加することで、結果表示ページから連携することが可能です。

elpismap1.png

各部品の機能は以下の通り。

  • Retrieve molecular properties
    ワークフロー中の化合物個々に対して、以下のプロパティ値を追加します。

    • AMW(Molecular Weight)

    • mollogP

    • HBA(Hydrogen bond Acceptor count)、HBD(Hydrogen bond Donor count)

    • TPSA(Topological Polar Surface Area)

  • Retrieve molecular connectivity index
    ワークフロー中の化合物個々に対して、以下のプロパティ値(Connectivity Index)を追加します。

    • Chi0v ~ Chi4v、Chi0n ~ Chi4n、Kappa1 ~ Kappa3

  • Generate TSV, for scatterplot application
    この部品で、ワークフローの結果保存の際に、ElpisMap/ScatterPlot連携用結果ファイルを出力します。結果表示画面のMiscタブに、連携用のリンクが作成され、クリックすることで連携アプリケーションの画面に移行することができるようになります。(この部品は、編集中のワークフローに前述の部品を追加するまで部品エリアには表示されません)

workflow_elpismap2.png
アイテム集:部品エリアに搭載できるパーツ(アイテム)類
アイテム全一覧表示

​全アイテム(44個)の一覧表示と各アイテムの詳細説明

カテゴリ別アイテム一覧

以下の7つのカテゴリ別にアイテムを​分類しています。

概要
内容
アイテム数
ファイルの読み込み
遺伝子・タンパク質のID, Accessionが記載されたファイルとSDファイル形式のデータを読み込むアイテム
2
遺伝子・タンパク質の入力
遺伝子・タンパク質のID, Accessionを入力するためのアイテム
9
化合物の入力
化合物構造やLSKB ChemIDやMoAなどから化合物を取得
6
IDベース検索機能
PDBおよび疾患関連情報を収集する
3
活性データの収集機能
活性値データを収集する
3
アノテーション情報収集
遺伝子・タンパク質のアノテーション情報を収集する
11
化合物アノテーション情報収集
化合物のアノテーション情報・プロパティ値を収集する
6
その他
その他の機能
3
Predefined Workflow
プリセットワークフローとして、以下を準備しています
ワークフロー名
概要
Activity Finder from target ID
Gene/Protein IDから活性値と化合物を取得
Activity Finder Example: actives for human p38
任意キーワードでタンパク質を検索し、活性値と化合物を収集(human p38を例として入力済)
Annotation Finder
ID/番号で蛋白質を検索してアノテーションを付与する
Target prediction from LSKBChemID
LSKB ChemIDで化合物を与えて類似化合物を検索し、それらのアッセイデータを参照して入力した化合物の作用するターゲットを予測
Activitiy collection from PDB ID
PDB IDをキーとしてタンパク質を特定し、アッセイデータを収集する
SDF file preparation for active chemicals from Protein
タンパク質のIDや番号を指定してアッセイデータを収集し、関連化合物を特定してSDファイルに活性データと共に出力する
Chemical Finder Ex.1 :related MoA
指定したMoA/Functionに紐付く化合物を検出、関連する活性値を収集する
Chemical Finder Ex.2 :from EC number in human
指定したEC番号に紐づくタンパク質(HUMAN)を収集し、関連するPDB結晶構造データと、PDBリガンド分子を収集し、それらの関連するアッセイ情報を検索する
Chemical Finder Ex.3 from Protein Classification in Rat
「指定した生物種」の「指定した種別のタンパク質」に対するアッセイデータ中の活性値と、対応する化合物一覧を検索する(Ratを例として入力済)
Activitiy collection from Taxonomy ID
生物種を指定して、アッセイデータから活性値を収集する
Target prediction by Chemical Structure
指定した化合物の類似化合物を検索し、検索結果化合物の活性値から、最初に指定した化合物のターゲット候補を探索する
Ligand table from PDB ID
PDBIDから、対応するタンパク質情報・リガンド情報を収集して化合物一覧表を生成する
(Modified) Ligand table from Protein
ID/番号で蛋白質を検索して、対応するPDBIDを収集、PDBのタンパク質情報・リガンド情報を収集して化合物一覧表を生成する
Activity collection for ElpisMap by target ID
ID/番号で蛋白質を検索して、アッセイデータ中の活性値と化合物を収集し、ElpisMapへの連携用リンクを作成する
Seek Gene/Protein by identifiers
ID/番号で蛋白質を検索して、基本情報を収集する
Seek Compoundn by LSKB ChemID, then Generate SDF
LSKB ChemIDで化合物を与えてSDファイルを生成する
Seek Compoundn by Structure Search
指定した化合物の類似化合物を検索して一覧表として出力する
Standard structure search from SD file/SMI file
指定したファイル中の化合物の類似化合物を検索して一覧表として出力する
Standard target prediction from SD file/SMI file
指定したファイル中の化合物の類似化合物を検索し、それらのアッセイデータを参照して入力した化合物の作用するターゲットを予測