Structure Search (Single)

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操作メニュー

Chemical Structure >> Structure Search (Single)

より操作を開始します。

LSKB構造情報を表示している場合は、構造をクリック >> Structure Searchで、基本メニューが表示されます。

構造の入力

化学構造の入力には4つの方法があります。

 

  1. Sketcherで記載する

  2. MDL Mol ファイルを Drag&drop

  3. LSKB の 構造情報記載の 構造式を貼り付ける

  4. SMILESを入力

single_menu.png
Sketcherで記載する場合は、直接描画エリア内に記載してください。
Sketcher.png
MDL Mol ファイルを Drag&dropする場合は、作成したMoLファイルを右側の"Drug molfile here"部分にDrug&Dropしてください。(スケッチャーエリアや他の部分にはDrug&Dropしないでください。
drug_mol_file.png

LSKBの構造情報記載の構造式を貼り付ける場合は、構造情報が表示された画面で構造をクリックします。

サブメニューが表示されますので、"Structure Search"を選択してください。

構造がコピーされた状態でSketcher 画面が表示されます。

chemicaldetail2scheture.png

SMILESを入力する場合は、"Drug molfile here"部分をクリックします。

SMILES入力エリアが表示されますので、SMILESを貼り付けてエンターキーを押してください。

input_smils.png
検索条件の設定

検索方法の選択を右側の"Structure Search" より選択後、化合物構造検索対象のデータベースサブセットを "Database" より選択します。

Structuresearchmethod_and_db.png

検索方法の選択

サブセットの選択

搭載されている検索方法
  1. Exact Match

  2. Substructure Search

  3. Framework Search

  4. Similarity Searchを用いたTarget Prediction

  5. Similarity Searchと同じFrameworkを用いたTarget Prediction

  6. Similarity SearchとMutualFrameworkを用いたTarget Prediction

  7. Mutual Frameworkを用いたTarget Prediction

  8. Substructure Searchを用いたTarget Confirmation

搭載されているデータベースサブセット
  1. Small Molecule collection

  2. 論文に関連付けられた化合物

  3. 治療薬

  4. ChEMBL

  5. ChEBI

  6. UNI

  7. Binding DB

  8. Natural Products

  9. アッセイ情報のある化合物

  10. 辞書内にある化合物全て

  11. PubChem

  12. ZINC

  13. Patent

ターゲット予測
1. Method

Target Predictionは 構造式から アッセイ情報のある化合物の類似性で検索し、ヒットした化合物が活性をもつタンパク質を探します。

更に、タンパク質のアッセイにおいて検索した構造の類似化合物の活性値に類似性でウェイトをかけて、活性予測値として算出します。

targetprediction_method.png
2. Result

計算結果テーブルではこれをScoreとし、ヒット化合物のSimilarityの最大 最小値、pACTの最大 最小値とともに記載します。

Targetprediction_result.png
3. Target Prediction by compound similarity -1

LSKBのTarget Predictionには 通常の類似性を利用した方法①に加えて、Similarity Searchの結果に検索構造と 同じフレームワークで絞込みを行う方法②も搭載しています。

TargetPrediction_Similarity.png
4. Target Prediction by compound similarity -2

Target Predictionに Similarity Searchの結果に検索構造と同じフレームワークの末端の環構造 を一つ削除し、そこに1つ環を追加した フレームワーク(Mutual Framework)で絞込みを行う方法③も搭載しています。

TargetPredictuin_mutalFrame.png
4. Target Prediction using mutual framework

Target Predictionに Similarity Searchを利用せず、検索構造と 同じフレームワークの 末端の環構造 を一つ削除し、そこに1つ環を追加した フレームワーク(Mutual Framework)のみで検索する 方法 Mutual Frameworkでの予測④も搭載しています。

TargetPredictuin_mutalFrame.png
5. Target Confirmation

Target Confirmationは アッセイ結果のある化合物セットに対して 部分構造検索を行い、そのターゲットタンパク質と 活性値をもつ化合物のリスト、構造のリストを取得します。

Chemotype から 作用するターゲットタンパク質の情報を取得するモードです。

TargetConfirmation.png