Predefined Workflow List

Activity Finder from target ID

Gene/Protein IDから活性値と化合物を取得

Activity Finder Example: actives for human p38

任意キーワードでタンパク質を検索し、活性値と化合物を収集(human p38を例として入力済)

Annotation Finder

ID/番号で蛋白質を検索してアノテーションを付与する

Target prediction from LSKBChemID

LSKB ChemIDで化合物を与えて類似化合物を検索し、それらのアッセイデータを参照して入力した化合物の作用するターゲットを予測

Activitiy collection from PDB ID

PDB IDをキーとしてタンパク質を特定し、アッセイデータを収集する

SDF file preparation for active chemicals from Protein

タンパク質のIDや番号を指定してアッセイデータを収集し、関連化合物を特定してSDファイルに活性データと共に出力する

Chemical Finder Ex.1 :related MoA

指定したMoA/Functionに紐付く化合物を検出、関連する活性値を収集する

Chemical Finder Ex.2 :from EC number in human

指定したEC番号に紐づくタンパク質(HUMAN)を収集し、関連するPDB結晶構造データと、PDBリガンド分子を収集し、それらの関連するアッセイ情報を検索する

Chemical Finder Ex.3 from Protein Classification in Rat

「指定した生物種」の「指定した種別のタンパク質」に対するアッセイデータ中の活性値と、対応する化合物一覧を検索する(Ratを例として入力済)

Activitiy collection from Taxonomy ID

生物種を指定して、アッセイデータから活性値を収集する

Target prediction by Chemical Structure

指定した化合物の類似化合物を検索し、検索結果化合物の活性値から、最初に指定した化合物のターゲット候補を探索する

Ligand table from PDB ID

PDBIDから、対応するタンパク質情報・リガンド情報を収集して化合物一覧表を生成する