Add safety flags for proteins rereieved
安全性・副作用関連蛋白質に該当するか否かをTRUE/FALSEで示す列を追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
遺伝子・タンパク質一覧表中の列
遺伝子・タンパク質一覧表にEurofins・AbbVieが公開している安全性・副作用関連蛋白質に該当するか否かをTRUE/FALSEで示す列を追加する
Get PubChem BioAssay brief(by Gene)
PubChem BioAssay掲載の活性情報件数を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
遺伝子・タンパク質一覧表中の列
遺伝子・タンパク質一覧表に、LSKBの保持しているPubChem BioAssay一覧表に掲載されている活性情報件数(アッセイ件数・化合物件数)を追加する
Get ChEMBL Assay brief(by Protein)
ChEMBL掲載の活性情報件数を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List
遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているChEMBLデータに掲載されている活性情報件数(アッセイ件数・化合物件数)を追加する
Get PDB information(by Protein)
PDB情報を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List
遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているPDBデータに掲載されているPDB件数およびリガンド分子個数を追加する
Get PFAM information(by Protein)
PFAM Domain情報を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List
遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているPFAMデータに掲載されているドメイン情報を追加する
Get GO terms(by Gene)
GO termを表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List
遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているGO Termに掲載されているTerm (MF/CC/BP)情報を追加する
Get Disease list(by Gene)
Disease/Pathway/Reference情報を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List
遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているPathway情報に掲載されているPathway情報を追加する
Get SNPs information
入力
出力
Get GO summary by GeneID
GO term一覧表を作成
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
GO summary
Get GO terms(by Gene)で収集したGO Termを、Termごとに整理した一覧表形式で出力する。
この部品よりも前で、Get GO terms(by Gene)を実行する必要あり。
Get PATHWAY summary by GeneID
Pathway情報を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Pathway Summary
遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているPathwayに掲載されている情報を追加する
Get DISEASE summary by GeneID
疾患情報一覧表を作成
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
OMIM Summary
遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持している疾患情報に掲載されている情報を追加する
Get Disease summary by compound identifier
入力
化合物一覧(Workflowで保持)
出力