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2022/4/21【LSKB WEBセミナー】
 
統合データと各種解析ツールの連携による創薬へのアプローチ
 

趣旨: 創薬において、既知情報の積み重ねによる経験則を見出した、それを利用することで創薬の各過程を効率化し、ひいては成功確率アップに繋げることができることは知られている。既知データを集約し、新しい手法による解析を組み合わせることで、その有用性の検証はもとより、新しい知見へと導くことが可能である。

本 Webinarでは、創薬を志向した化合物の展開において、データの集約と活用と分子設計での展開、データの可視化による意思決定との連携を通じて データと解析の連携について紹介した。



【セミナー内容】
「LSKB」はすでに多くの創薬に関わる方々に導入頂いており、日々皆様の意見を組み込みながら進化し続けております。今回のセミナーでは、ターゲット探索におけるタンパク質のポケット形状の類似性の活用とLSKBのワークフローを用いた便利な解析例の紹介、LSKBと連携して利用できるCCG社 MOEの相互乗り入れで高まる利便性、 LSKBに組み込んでいるElpisMapをもちいたリード創薬の見極めなど、創薬にむけた戦略的コンテンツをお届けした。

(1)株式会社ワールドフュージョン  緑川 淳

「タンパク質のポケット形状類似性データの活用とワークフローの利便性」

(2)株式会社モルシス 池上 貴史 様

「統合計算化学システムMOEとLSKBとの連携」

(3)小野薬品工業株式会社 黒野 昌邦 様

「ユーザーフレンドリーな新規可視化法「エルピスマップ」によるリード創製への見極め -ビッグデータ解析のアンバイアスドメソッドによる「俯瞰・予測・判断」の提案-」 

 
2021年12月20日 【LSKB WEBセミナー】

【LSKB WEBセミナー】ターゲットや化合物の探索に必要な3つの要素、AI、自動化、視覚化

創薬支援ナレッジデータベース「LSKB ver7」をリリースしました。それに伴い新しい機能等を含めたWEBによる技術セミナーを開催しましたので、以下に発表資料を共有いたします。


【セミナー内容】
「LSKB」はすでに多くの創薬に関わる方々に導入頂いており、日々皆様の意見を組み込みながら進化し続けております。

メカニズム分析や創薬ターゲット探索の実施に不可欠なデータベースやアルゴリズムを搭載した最新バージョンの「LSKB Ver7」の注目新機能について紹介しました。
BERTを用いたMoA取得と解読エンジンの評価を行った技術資料を紹介しました。

 

1) LSKB Ver.7 概要

  • メカニズム分析や創薬ターゲット探索には、多面的なデータを利用する必要があり、目的に合わせたデータ探索を可能にする専用のワークフローツールを搭載しました。これにより、複数による共同作業や同一探索手法の共有など、大幅な探索の効率化を実現します。

  • 特に、AIにより取得したMoA(作用機序)を従来のMoAに統合し、充実したLSKBの各種オントロジーと相互作用情報 の解析による 疾患の新しいターゲットや化合物の探索手法を提供しています。

2) 多様なデータを自在に取得するWorkflowと 意思決定ツール Elpis Map

  • 多様なデータを自在に取得するワークフローツールを利用することで、LSKBのデータベースを目的に合わせた検索フローを作成することができます。作成されたワークフローは共有し、分担作業など様々な効率化が期待できます。

  • 意思決定支援ツールとして、小野薬品工業様の開発したElpis MapをLSKBに標準搭載いたしました。Elpis Mapは散布図と分布図を統合し、視覚化による意思決定を支援するツールです。今回はHTSデータの視覚化により、GO, No-Go, No-Needを判断しやすくする機能を搭載しました。セミナーではこれらをご紹介いたします。

3) AIによるMoA取得と読解エンジンとしての可能性

AI(BERT) による 新しい MoA 抽出と 読解エンジンとしての活用の可能性で、以下検討した内容を報告します。​

  • BERTを使った新規MoA抽出プロジェクト実行環境

  • BERTを使ったGeneRIFの遺伝子vs疾患の関係性の判別

 
2021年10月26日 CBI学会資料

『MoAデータ]の活用と、意思決定ツール による創薬の加速』


1.「LSKB 新機能のご紹介 〜 AI 学習で作成 した MoA データ と 意思決定支援 ツールの導入」

  緑川 淳((株)ワールドフュージョン)
2.「ユーザーフレンドリーな新規可視化法「エルピスマップ」によるリード創製への見極め

    -ビッグデータ解析のアンバイアスドメソッドによる「俯瞰・予測・判断」の提案-」

  黒野 昌邦(小野薬品工業(株))
3.「BERT による 新しい MoA 抽出と 読解エンジンとしての活用の可能性 (仮題)」

  緑川 淳((株)ワールドフュージョン)
4.”Clarity PV: from Safety Pharmacology to Post-marketing Surveillance”

  Jordi Mestres (Chemotargets S.L.,)