8.0.0.0
TTD データをドラッグ対MoA、ターゲット対MoAのマッピングデータソースとして追加しました。
導入先:
・トップページMoAメニュー
・キーワード検索のFunction Keyword
・化合物などの検索メニューでMoAが表示される各ページ
これにより、MoAのデータソースは以下のような構成になりました。
・MeSH Pharmacological Action(in UMLS)
・NDFRT
・ChEMBL Drug Mechanism
・ChEBI
・TTD(Therapeutic Target Database)
・BERT深層学習でPubMedから求めた作用機序
8.0.0.0
疾患から見たときの遺伝子リストと、遺伝子から見たときの疾患リストのConfidence Scoreの重みを調整しました。
導入先:
・疾患エントリーのDetailsページのGeneタブ
・遺伝子エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・バッチ機能Multi Disease ID 2 Prioritize Target 結果ページ
・バッチ機能Multi Gene ID 2 Disease Explorer 結果ページ
8.0.0.0
疾患から見たときの遺伝子リストと、遺伝子から見たときの疾患リストのConfidenceScoreの重みを調整しました。
導入先:
シングルキーワードと、マルチ検索の疾患検索と遺伝子検索
・疾患エントリーのDetailsページのGeneタブ
・遺伝子エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・バッチ機能Multi Disease ID 2 Prioritize Target 結果ページ
・バッチ機能Multi Gene ID 2 Disease Explorer 結果ページ
Confidence Scoreの計算を変更することで、バイオマーカー探索とターゲット探索目的の候補表示順を最適化しました。
8.0.0.0
テキストマイニングの疾患VSフェノタイプの関係性の論文エントリーの精度を向上しました。
導入先:
・疾患DetailsページのPhenotypeタブ
・フェノタイプDetailsページのDiseaseタブ
PubMed Abstractのテキストマイニングで、疾患対フェノタイプの関係性を共起関係とともにAIエンジン(BERT MNLI)を利用した推論処置を行い、精度を高めました。
「# of PubMed Abstract (Associations)」カラムの個数リンクをクリックすることにより、BERT-MNLIにより含意と判断されたPubMedアブストラクトのリストを参照できます。
8.0.0.0
トップページの「Trend of 2020-2021' PubMed Data.」に情報を追加しました。
導入先:
トップページ > Main Menu > Trend
以下のカラムが追加されています。
・Geneタブ追加カラム:「# of Assay」
・Chemicalタブ追加カラム:「# of Clinical Trial Study」
「Trend of 2020-2021' PubMed Data.」では、急激に上昇しているトレンドキー ワードを示しています。
のリンク先ページのGeneタブとChemicalタブの中のテーブルAssay、Clinical Studyの情報を表示する変更を加えました。
8.0.0.0
GOから関連付けられた化合物を検索する機能を追加しました。
導入先:
トップページ>「Multi Keywords/IDs」 >「Function」>「LSKB FUNC_ID - Drug List」から利用できます。
該当するGOの機能を有する遺伝子に対して 作用するDrugのリストを出力します。
複数のLSKB FUNC_ID(Gene Ontology)をクエリとして、LSKBのリレーションDBを経由し紐づけたDrugデータをテーブルリスト形式で参照できます。
8.0.0.0
化合物キーワード検索機能をリアルタイム検索機能から、バッチ処理検索(バックグランド)機能に変更しました。
導入先:
トップページ > 「Drugs/Chemicals」
バッチ検索に変更することで 、検索結果を長時間待つ必要はありません。
ブラウザやタブを閉じても検索結果は「Job History」に保持されます。
8.0.0.0
パスウェイ関連遺伝子リスト機能の表示形式を変更しました。
導入先:
機能用語エントリーのDetailsページのPathway Gene Groupタブ
テーブル形式を変更することで以下ができるようになりました。
・データの高度なフィルター
・データー行の選択
・クリップボードへのコピー
・PDF出力
・Excel形式でのエクスポート
8.0.0.0
パスウェイ関連タンパクリスト機能の表示形式を変更しました。
導入先:
機能用語エントリーのDetailsページのPathway Protein Groupタブ
テーブル形式を変更することで以下ができるようになりました。
・データの高度なフィルター
・データー行の選択
・クリップボー ドへのコピー
・PDF出力
・Excel形式でのエクスポート
8.0.0.0
テキストマイニングで遺伝子 VS疾患の関係を求める精度を向上しました。
導入先:
遺伝子VS疾患(毒性含む)のテキストマイニング結果ページ
・疾患エントリーのDetailsページのGeneタブ
・Main Menu > Toxicity & Side effectsページの疾患名をクリックしたときに表示されるDetailsページのGeneタブ
・遺伝子エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・バッチ機能Multi Disease ID 2 Prioritize Target 結果ページ
遺伝子対疾患の関係性を判断するための推論対象にBERT-MNLIを利用し、遺伝子と疾患の関係を示すAssociation Classを表示し、Biomarkerなど探索しやすくしました。加えて、遺伝子が他のカテゴリーとミスリードしていないかどうかの検証データを導入し、精度を向上させました。
8.0.0.0
Clinical Trialタブテーブルリストの表示形式を変更しました。
導入先:
Clinical Trialタブ表示ページ
・疾患エントリーのDetailsページのClinical Trialタブ
・化合物エントリーのDetailsページのClinical Trialタブ
・機能用語エントリーのDetailsページのClinical Trialタブ
テーブル形式を変更することで以下ができるようになりました。
・データの高度なフィルター
・データー行の選択
・クリップボードへのコピー
・PDF出力
・Excel形式でのエクスポート
8.0.0.0
MoA検索用GUIを新規に実装しました
導入先:
トップページ > Main Menu > MoA
トップページの「Main Menu」タブ内の「MoA」アイテムをクリックすることにより遷移されます。当該GUIでは、「INHIBITOR」や「AGONIST」等のカテゴリーや、先頭1文字のアルファベットを指定することで、検索したいMoAエントリーを絞り込むことができます。