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7.0.0.0

トップページのメニューに新機能「Workflow」を追加しました。

導入先:

Workflow

1 データベース検索・データ操作部品を組み合わせて、任意処理を構築可能
1.1 遺伝子・蛋白質の検索:各種ID・カテゴリ・EC番号・PDBIDなど
1.2 化合物検索:構造、MoA/Function・Action Typeなど
1.3 アノテーション情報や活性値データ収集
2 フィルタ機能
2.1 化合物の活性予測に対応する部品も準備
2.2 処理手順の保存・再利用・共有機能
2.3 処理検索結果はすべてJob Historyに保存、処理結果の保存・再利用も容易

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ワークフローで化合物構造のファイルからの読み込み機能でSMILESファイル(Daylight SMILESの文字列)からの読み込みに対応しました。

導入先:

Workflow

拡張子でファイル型を判別します
1 MOLファイルの場合「.mol」
2 SDファイルの場合「.sdf」
3 SMILESファイルの場合「.smi」

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ワークフローにBlastP/DeltaBlast/RPS Blastを利用した類似たんぱく質検索用の部品を追加しました

導入先:

Workflow【Search similar proteins found by Blast, DeltaBlast and RPS-Blast】

ChEMBL Single Protein Targetとして登録されているたんぱく質とSwissProt全件の類似性がLSKBのデータベースに保持されており、そこから検索することができます

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ワークフローにPossum/CDHit掲載の類似たんぱく質検索用の部品を追加しました

導入先:

Workflow【Search similar proteins by both Blast and Possum】

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化合物一覧表に分子量などのプロパティを格納した際、ElpisMapアプリケーションに投入する連携部品を追加しました

導入先:

Workflow【Generate TSV file, for ElpisMap/scatterPlot application

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トップページのメニューに新機能「ElpisMap」を追加しました

導入先:

ElpisMap

・一般的に利用される「散布図」を拡張したElpisMap描画機能を搭載
・散布図に「カテゴリ分類」「カテゴリ重心描画」「重心移動描画」を組み合わせた解析が可能
・LSKBのWorkflow機能と連携:化合物と活性値の関連性・傾向分析に利用可能
・ユーザ様自身のデータ:タブ区切り形式のテキストファイルとして入力可能

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統合アッセイDBのアッセイターゲットの表示にターゲットタイプの表記を追加しました。

導入先:

アッセイターゲットの表示ページ

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Taxonomy Details ページの「Assay」タブのリストを、当該のTaxonomyをOrganismターゲットとするデータのみに絞り込むよう機能を更新しました。

導入先:

Taxonomy Details ページ

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統合オントロジーDBのエントリーのDetailsページにキーワード検索から遷移した時に、ページの上部に検索クエリのタームの表示を追加しました。

導入先:

統合オントロジーDBのエントリーのDetailsページ

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統合オントロジーDBのエントリーのDetailsページにて代表名がテキストマイニング非対象の時、その旨の表示を追加しました。

導入先:

統合オントロジーDBのエントリーのDetailsページ

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化合物キーワード検索結果ページのビューを刷新しました。結果ページでは各ターム毎に紐づく構造エントリーをConfidence Scoreを参照しながら選択することができます。

導入先:

化合物キーワード検索結果ページ

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疾患エントリーと化合物エントリーのDetailsページの「GO Ranking」タブに「GO Term」カラムを追加しました。

導入先:

疾患エントリーと化合物エントリーのDetailsページ

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