7.0.0.0
トップページのGUIを刷新しました。
導入先:
トップページ
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トップページのメニューに新機能「ElpisMap」を追加しました
導入先:
トップページ
7.0.0.0
トップページのメニューに新機能「Workflow」を追加しました。
導入先:
トップページ
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トップページの「Main Menu」タブに「Trend of 2019-20’ PubMed Data」のリンクを追加しました。直近2年のオントロジーエントリー(Gene, Disease, Chemical, Taxonomy, Function)の文献数の推移のトレンドをランキング形式で参照できます。
導入先:
トップページ
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統合オントロジーDB(Gene, Disease, Chemical, Taxonomy, Tissue, Function, Phenotype)のエントリーのDetailsページのタブレイアウトを右部から左部に移動しました。また、合わせてSummaryタブのレイアウトを統一されたデザインポリシーにて刷新しました。
導入先:
エントリーDetailsページ
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深層学習におけるBERTの固有表現抽出用モデルにてPubMed 論文からMoA データを抽出し、統合機能用語オントロジーDBのデータソースとして導入しました。
導入先:
データベース
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深層学習におけるBERTのMNLIモデル(仮説と前提文の含意関係を判断)にてGeneRIFの文章から遺伝子vs疾患の関係性を推論した結果のデータを導入しました。
導入先:
データベース
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統合機能用語オントロジーDBのデータソースとしてTherapeutic Target Database(TTD)のデータを追加しました。
導入先:
データベース
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化合物キーワード検索結果ページのビューを刷新しました。結果ページでは各ターム毎に紐づく構造エントリーをConfidence Scoreを参照しながら選択することができます。
導入先:
化合物キーワード検索結果ページ
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テーブル表示機能の更新
導入先:
※ 以下のタブのテーブル表示機能を変更
・化合物エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・化合物エントリーのDetailsページのGeneタブ
・化合物・疾患・遺伝子・フェノタイプ・組織臓器エントリーDetailsページのGene Expressionタブ
・疾患エントリーのDetailsページのDrugタブ
・疾患エントリーのDetailsページのClinical Trialタブ
・疾患エントリーのDetailsページのGeneタブ
・疾患エントリーのDetailsページのGO Rankingタブ
・疾患エントリーのDetailsページのTissueタブ
・機能用語エントリーのDetailsページのDrugタブ
・機能用語エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・遺伝子エントリーのDetailsページのChemicalタブ
・遺伝子エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・タンパク質エントリーのDetailsページのDrugタブ
・タンパク質エントリーのDetailsページのSimilar Proteinタブ
・タキソノミーエントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・組織臓器エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・組織臓器エントリーのDetailsページのSpecific Expression Geneタブ
・バッチ機能Multi Disease ID 2 Diseaseの処理結果ページ
・PDB List (Disease vs Tissue)
WEBブラウザ上でテーブル形式のデータを表示するための共通機構を新規に実装、導入しました。
共通テーブルビューワーの導入により以下の様な利点が生まれます。
1. TSVファイルベースのキャッシュ機能による処理パフォーマンスの大幅な改善
本機能が導入されたビューでは、1度目の問い合わせ処理時においては、クエリに基づき取得・整形したデータをTSVファイルに出力し、DBに保存します。
2度目以降の問い合わせ処理時においては、TSVファイルを1度目の処理時に保存したDBからロードするだけで利用できるため、前バージョンまでと比べて、参照時の処理パフォーマンスが大幅に改善しました。
2. データの取得処理と、取得されたデータの参照系処理の分離によるプログラムの大幅な簡略化
3. 一元管理されたビューワーにおける同一のデザインコンセプトや機能追加・不具合修正の適用
本機能が導入されたビューにおいては、全て同一のデザインポリシーが適用されているため、異なるクエリの処理結果に対応するビューであっても、別のビューで一度参照系機能を利用していれば、直感的に利用でき、イメージがつきやすい機能となっております。
さらに、ビューワー上の機能追加は今後も実施していく予定ですが、その際追加された機能は全てのビューワーに導入されることになります。
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直近2年のオントロジーエントリーのトレンドランキング参照機能
導入先:
トップページ
テキストマイニングデータの件数推移分析による、直近2年のオントロジーエントリー(Gene, Disease, Chemical, Taxonomy, Function)のトレンドランキングページを追加しました。当該のページはトップページの「Main Menu」タブの「Trend of 2019-20’ PubMed Data」リンクから参照できます。
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Tissue関連Species specific expression リスト機能
導入先:
Tissue Details ページ
当該の組織臓器における遺伝子発現データが生物種(Human, Mouse, Rat, Zebrafish, Rhesus monkey)ごとに横に並べてリストされます。当該のリストはTissue Details ページの「Species specific expression」タブにて参照できます。