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Tissue Detail
組織の関連情報を出力
・組織別発現データを参照出来ます。
【着目ポイント】
・PubMed、遺伝子発現、SRA、PDB、疾患のDescription中で関連付けた疾患が参照できます。
・組織特有の発現実験の遺伝子や生物種毎の発現遺伝子が参照できます。
・公共発現データのマイニングで組織名の記載のある実験のリストが参照できます。
・各種フィルターで目的の遺伝子などを求める機能を有しています。
利用できるクエリー
Query Type | Query |
|---|---|
Keyword | Tissue Name |
出力タブ
Summary
組織のSummary
PubMed 共起文献のテキストマイニングによる関連情報のランキング
外部データソース(Database Reference)へのリンク
Synonym
Synonym /タームごとの文献数
ChEMBL Target
ChEMBLに登録された当該組織情報がテーブル表示
Disease
関連する疾患の文献数/発現実験数（Array Exp）/SRA登録数/PDB数/GOのCellular Componentと発現変動遺伝子の一致した遺伝子数の表示
Specific Expression Gene
当該組織に特異的に発現している遺伝子をRefEx、UniProt Comment、 発現実験を基に表示
・組織別表示発現遺伝子を逆引きが可能
Species Specific Expression
動物種別により 当該組織に特異的に発現している遺伝子（オルソログ）を表示
・疾患や毒性発現部位における 動物種による 共通発現遺伝子の比較が可能
Assay
組織に関連するAssay情報を表示。
・Assay Type/Act Outcome Method/Title/Protein/Relationship Type/Confidence Score/BAO Format/Activities数/化合物数/Details
Activities
組織に関連するAssayで使用された化合物とその活性値情報を表示
・LSKB Chemical（構造）/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment
注) 件数の多い Activities情報はバッチ処理を行います。
OKを押して暫くお待ちください。終了後、テーブルが現れます。また、この結果は保持されるため 2回目以降は早く表示されます。
Gene Expression
Assay Type=ToxicityのAssay情報
・組織に関連する遺伝子発現実験（GEO/GDS Expression Atlas）を表示
・ID/Title/Description/Organism/Chemical/Disease/Tissues/Detailへのリンク
Example
Tissue to Spiecies Specific Gene expression
組織 pituitary gland anteriorにおける発現遺伝子をオルソログ遺伝子でRefEx UniProt Comment 、発現解析データで 比較表示
Tissue to Disease
組織 pituitary gland anteriorに関連する疾患を文献、遺伝子発現実験、SRA(NGS解析)、PDBのアノテーション にてテーブル表示
Tissue Summary
組織pituitary gland anterior のサマリー情報と 関連リンク さらに 年代別の文献数をグラフ表示
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