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PDB Detail
PDB IDの関連情報を出力、詳細情報へリンク
【着目ポイント】
・リガンドを経由して化合物からの探索が出来ます
・タンパク質を経由しSimilar Proteinで、PoSSuM、BLAST、RPS-Blast、Delta-Blast、CD-Hitで評価したクエリーと類似タンパク質と共通活性化合物を探せます。
利用できるクエリー
Query Type | Query |
|---|---|
ID | PDB ID |
出力タブ
Protein
PDB IDに搭載されるタンパク質のUniProt Entry/Taxonomy/Description/Reference/Domain 情報
Ligand
複合体形成リガンドの PDB Identifier/構造/Nameを表示
構造から化合物詳細へ
構造関連リンク
Details： Chemical Details ページへ
Structure Search: 表示される構造をコピーして構造検索メニューへ
Get SMILES: 別ウィンドウ で 当該構造の SMILESを表示
Download SMILES: 当該構造の SMILESをダウンロード
Download InCHI: 当該構造の InCHI Keyをダウンロード
Download InCHI Standard: 当該構造の InCHI Standardをダウンロード
Download Mol File: 当該構造の MDL Mol Fileをダウンロード
Go To MOE：CCG社のMOEにより この構造ファイルが開きます。
※ MOEのライセンスと svlによる LSKBとの連携設定が必要です。
Activity
タンパク質とリガンド複合体ペアの活性情報を Protein/ Protein Name/ LSKB Chem ID / Ligand Name/ Activity Type/ Relation/ Value/ Unit/ Assay IDで表示
Reference
文献情報
Similar Pockets
複合体形成リガンドのポケット と形状が類似したPDB 情報
PDB1: 当該 PDB ID
PDB2: ポケット形状の類似した PDB ID
HET1: 当該 PDBの HET ID
HET2: ポケット形状の類似した PDBのHET ID
HET_CHAIN1: 当該 PDBの CHAIN ID
HET_CHAIN2: ポケット形状の類似した PDB のCHAIN ID
COS: Cosine Value
RMS: PDB1 の指定ポケットと類似したPDB2の ポケットのRMS値
PVAL: p-Value
UPROT: ポケット形状の類似した PDBタンパク質の UniProt Accession
UniProt: ポケット形状の類似した PDBタンパク質のUniProt Entry Name
Protein: ポケット形状の類似した PDBタンパク質の名称
Example
PDB to Similar Pocket
PDB エントリー1fm9 のリガンド結合部位別 ポケット形状類似PDB エントリーの対応関係と各種評価値、対応タンパク質を表示
PDB to Activity
PDB エントリー1fm9 のタンパク質と結合リガンドの活性値情報を表示
PDB to Ligand
PDB エントリー1fm9 の複合体形成リガンド情報
PDB to Protein
PDB エントリー1fm9 のタンパク質情報で Domain情報とともに表示
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