Workflow で利用できるパーツ

アイテムカテゴリ

Load Datafile

ファイルの読み込み
アイテム数
2
Display Title
Short Description
Load text file containing Gene/Protein identifiers
Gene/Protein IDのロードを行う
Load text file contaiing compound structures
SDファイル、SMILESファイルの内容を取り込む
遺伝子・タンパク質のID, Accessionが記載されたファイルとSDファイル形式のデータを読み込むアイテム
アイテムカテゴリ

Seek Gene/Protein

遺伝子・タンパク質の入力
アイテム数
9
Display Title
Short Description
Seek Gene/Protein by identifier(s)
遺伝子やタンパク質リストの入力
Seek Gene/Protein by category associated
タンパク質を機能カテゴリから取得
Seek Gene/Protein by EC number
タンパク質をEC番号から取得
Seek Gene/Protein by PDB IDs
タンパク質をPDBIDで取得
Seek Gene/Protein by arbitrary keyword(s)
遺伝子やタンパク質を任意のキーワードで取得
Seek Assay Targets by TaxID
TaxIDでのデータフィルター
Search similar proteins found by Blast,DeltaBlast and RPS-Blast
Blast結果を参照しての類似蛋白質検索
Search similar proteins found by both Blast and Possum
Possum/CDHitおよびBlast結果掲載の類似蛋白質検索
Replace protein list as, holding similar proteins
類似蛋白質一覧の遺伝子・蛋白質一覧表への移動
遺伝子・タンパク質のID, Accessionを入力するためのアイテム
アイテムカテゴリ

Seek Compounds

化合物の入力
アイテム数
6
Display Title
Short Description
Seek Compounds by structure search
構造検索で化合物を取得
Seek Compounds by LSKB ChemID
LSKB ChemIDで化合物を取得
Seek Compounds by Patent ID
特許番号を利用して化合物を取得
Seek Compounds by Compounds currently held
前プロセスの化合物リストからの構造検索
Seek Compounds by MoA/function associated
MoAやケモタイプ、作用などの機能用語から化合物を検索
Retrieve protein-ligand Pairs, by Action Type
化合物Action Typeからタンパク質・化合物の組み合わせを作成
化合物構造やLSKB ChemIDやMoAなどから化合物を取得
アイテムカテゴリ

Retriever, using Keys/IDs in workflow

IDベース検索機能
アイテム数
3
Display Title
Short Description
Retrieve PDB entries associated with protein(s)
Workflowで保持しているタンパク質に対応するPDB情報を一覧表形式で出力
Retrieve PDB ligands associated with PDBIDs
Workflowで保持しているPDBIDに対応するPDB結晶構造中のリガンド分子を収集
Get Disease/Chemical/Function association by compound identifier
化合物情報から関連する疾患および疾患に関連するタンパク質の情報を、Function Term辞書を利用して収集
PDBおよび疾患関連情報を収集する
アイテムカテゴリ

Activity data handling

活性データの収集機能
アイテム数
3
Display Title
Short Description
Retrieve activities from LSKB integrated assay dataset
遺伝子・タンパク質情報もしくは化合物情報から関連する活性データを収集する
Retrieve compounds in assay, taken from LSKB integrated assay data
Workflow中の活性値情報に紐づく化合物一覧表を作成する
Target prediction using compounds in workflow, using LSKB integrated assay data
活性値一覧表のSimilarityと活性データを整理して、検索クエリ化合物の活性ターゲットを予測する
活性値データを収集する
アイテムカテゴリ

Add annotations to Gene/Protein

アノテーション情報収集
アイテム数
11
Display Title
Short Description
Add safety flags for proteins rereieved
安全性・副作用関連蛋白質に該当するか否かをTRUE/FALSEで示す列を追加
Get PubChem BioAssay brief(by Gene)
PubChem BioAssay掲載の活性情報件数を表に追加
Get ChEMBL Assay brief(by Protein)
ChEMBL掲載の活性情報件数を表に追加
Get PDB information(by Protein)
PDB情報を表に追加
Get PFAM information(by Protein)
PFAM Domain情報を表に追加
Get GO terms(by Gene)
GO termを表に追加
Get Disease list(by Gene)
Disease/Pathway/Reference情報を表に追加
Get SNPs information
Get GO summary by GeneID
GO term一覧表を作成
Get PATHWAY summary by GeneID
Pathway情報を表に追加
Get DISEASE summary by GeneID
疾患情報一覧表を作成
Get Disease summary by compound identifier
遺伝子・タンパク質のアノテーション情報を収集する
アイテムカテゴリ

Add annotations to Compound

化合物アノテーション情報収集
アイテム数
6
Display Title
Short Description
Retrieve molecular properties
各分子のプロパティ値を追加
Retrieve molecular connectivity indexes
各分子のConnectivity Index値を追加
Retrieve assay attributes
化合物一覧表に各分子に紐づいているAssayのタイプを概略的に表示する
Retrieve ChEBI annotations
化合物一覧表に、ChEBIから収集したアノテーションを格納した列を追加する
Retrieve MeSH tree
化合物一覧表に、MeSH Treeの情報を追加する
Retrieve molecular functions
化合物一覧表に、Molecular Functionの情報を追加する
化合物のアノテーション情報・プロパティ値を収集する
アイテムカテゴリ

Misc

その他
アイテム数
3
Display Title
Short Description
Filter
フィルタ操作
Generate SDF
保持している化合物をSDファイルとして出力
Generate TSV file, for ElpisMap/scatterPlot application
保持している活性値データ等をタブ区切りファイルとして出力
その他の機能