LSKB Ver7.0.3.0 リリースノート

トピック
新機能
Ver7.0.3までに変更したテーブル表示機能一覧

各テーブル表示ページ

DB List (Disease vs Tissue)
PubMed文献共起による関連遺伝子エントリーリストページ
PubMed文献共起による関連疾患エントリーリストページ
アッセイエントリーのDetailsページのActivitiesタブ
アッセイターゲットエントリーのDetailsページのActivitiesタブ
アッセイターゲットエントリーのDetailsページのAssaysタブ
タキソノミーエントリーのDetailsページのAssaysタブ
タキソノミーエントリーのDetailsページのDiseaseタブ
タンパク質エントリーのDetailsページのActivitiesタブ
タンパク質エントリーのDetailsページのAssaysタブ
タンパク質エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
タンパク質エントリーのDetailsページのDrugタブ
タンパク質エントリーのDetailsページのSimilar Proteinタブ
パスウェイエントリーのDetailsページのPathway Gene Groupタブ
パスウェイエントリーのDetailsページのPathway Protein Groupタブ
バッチ機能Multi Disease ID 2 Diseaseの処理結果ページ
バッチ機能Multi Disease ID 2 Prioritize Target 結果ページ
バッチ機能Multi Gene ID 2 Disease Explorer 結果ページ
フェノタイプエントリーのDetailsページのDiseaseタブ
遺伝子エントリーのDetailsページのActivitiesタブ
遺伝子エントリーのDetailsページのAssaysタブ
遺伝子エントリーのDetailsページのChemicalタブ
遺伝子エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
化合物・疾患・遺伝子・フェノタイプ・組織臓器エントリーDetailsページのGene Expressionタブ
化合物エントリーのDetailsページのActivities、ADME、Toxicityタブ
化合物エントリーのDetailsページのAssaysタブ
化合物エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
化合物エントリーのDetailsページのGeneタブ
機能用語エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
機能用語エントリーのDetailsページのDrugタブ
疾患エントリーのDetailsページのClinical Trialタブ
疾患エントリーのDetailsページのDrugタブ
疾患エントリーのDetailsページのGeneタブ
疾患エントリーのDetailsページのGO Rankingタブ
疾患エントリーのDetailsページのPhenotypeタブ
疾患エントリーのDetailsページのProteinタブ
疾患エントリーのDetailsページのTissueタブ
組織臓器エントリーのDetailsページのActivitiesタブ
組織臓器エントリーのDetailsページのAssaysタブ
組織臓器エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
組織臓器エントリーのDetailsページのSpecific Expression Geneタブ

トップページの"Main Menu"に「Toxicity & Side Effects」を追加しました。

アプリケーション

トップページの当該のアイテムをクリックすることにより、毒性エントリーリストのページに遷移します。当該のリストにて任意のエントリーをクリックすることにより、毒性エントリーの詳細を確認することができます。

トップページの"Main Menu"に「Similar Protein Pairs by Disease Classification」を追加しました。

アプリケーション

トップページの当該のアイテムをクリックすることにより、MeSHの疾患クラスリストのページに遷移します。任意のクラスをクリックすることにより、当該の疾患クラスに属する疾患の治療標的となるタンパクペアの関係性をテーブルリストにて確認できます。

トップページの"Multiple Keywords/IDs"に「Multi Disease Name 2 Disease」を追加しました。

アプリケーション

複数の疾患名をクエリとしてLSKBの疾患オントロジーDBに検索した結果を、テーブルリスト形式で参照できます。

トップページの"Multiple Keywords/IDs"に「Multi Phenotype Name 2 Phenotype」を追加しました。

アプリケーション

複数のフェノタイプ名をクエリとしてLSKBのフェノタイプオントロジーDBに検索した結果を、テーブルリスト形式で参照できます。

AIエンジン(BERT MNLI)で、PubMedのアブストラクトでの遺伝子対疾患の関係性推論処理を追加し、一部のページで利用できるようにしました。

データベース

遺伝子VS疾患の関係が正しいかという仮説を利用して、PubMedのアブストラクトで、BERT-MNLIがentailmentを返した論文を示し、以下の2つの検索結果で参照できる。
・疾患DetailsページのGeneタブ
・遺伝子DetailsページのDiseaseタブ

変更・更新
AIエンジン(BERT MNLI)で、GeneRIFにおける文章での遺伝子対疾患の関係性推論処理結果を追加し、一部のページで利用できるようにしました。

データベース

「Association Class」カラムのあるページ・タブ
遺伝子と疾患の間の関係性を"Etiology"や"Polymorphism"などのAssociation Classで分類(GR:GeneRIF, PM:PubMed)
・DiseaseExplorer結果ページ(バッチ機能)
・PrioritizeTarget結果ページ(バッチ機能)
・疾患DetailsページのGeneタブ
・遺伝子DetailsページのDiseaseタブ
・疾患から見たときの文献共起遺伝子リストページ
・遺伝子から見たときの文献共起疾患リストページ

不具合修正