LSKB Ver7.0.0.0 リリースノート

トピック
トップページのGUIを刷新しました。

トップページ

トップページのメニューに新機能「ElpisMap」を追加しました

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トップページのメニューに新機能「Workflow」を追加しました。

トップページ

トップページの「Main Menu」タブに「Trend of 2019-20’ PubMed Data」のリンクを追加しました。直近2年のオントロジーエントリー(Gene, Disease, Chemical, Taxonomy, Function)の文献数の推移のトレンドをランキング形式で参照できます。

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統合オントロジーDB(Gene, Disease, Chemical, Taxonomy, Tissue, Function, Phenotype)のエントリーのDetailsページのタブレイアウトを右部から左部に移動しました。また、合わせてSummaryタブのレイアウトを統一されたデザインポリシーにて刷新しました。

エントリーDetailsページ

深層学習におけるBERTの固有表現抽出用モデルにてPubMed論文からMoA データを抽出し、統合機能用語オントロジーDBのデータソースとして導入しました。

データベース

深層学習におけるBERTのMNLIモデル(仮説と前提文の含意関係を判断)にてGeneRIFの文章から遺伝子vs疾患の関係性を推論した結果のデータを導入しました。

データベース

統合機能用語オントロジーDBのデータソースとしてTherapeutic Target Database(TTD)のデータを追加しました。

データベース

化合物キーワード検索結果ページのビューを刷新しました。結果ページでは各ターム毎に紐づく構造エントリーをConfidence Scoreを参照しながら選択することができます。

化合物キーワード検索結果ページ

新機能
テーブル表示機能の更新

※ 以下のタブのテーブル表示機能を変更
・化合物エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・化合物エントリーのDetailsページのGeneタブ
・化合物・疾患・遺伝子・フェノタイプ・組織臓器エントリーDetailsページのGene Expressionタブ
・疾患エントリーのDetailsページのDrugタブ
・疾患エントリーのDetailsページのClinical Trialタブ
・疾患エントリーのDetailsページのGeneタブ
・疾患エントリーのDetailsページのGO Rankingタブ
・疾患エントリーのDetailsページのTissueタブ
・機能用語エントリーのDetailsページのDrugタブ
・機能用語エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・遺伝子エントリーのDetailsページのChemicalタブ
・遺伝子エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・タンパク質エントリーのDetailsページのDrugタブ
・タンパク質エントリーのDetailsページのSimilar Proteinタブ
・タキソノミーエントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・組織臓器エントリーのDetailsページのDiseaseタブ
・組織臓器エントリーのDetailsページのSpecific Expression Geneタブ
・バッチ機能Multi Disease ID 2 Diseaseの処理結果ページ
・PDB List (Disease vs Tissue)

WEBブラウザ上でテーブル形式のデータを表示するための共通機構を新規に実装、導入しました。
共通テーブルビューワーの導入により以下の様な利点が生まれます。

1. TSVファイルベースのキャッシュ機能による処理パフォーマンスの大幅な改善
本機能が導入されたビューでは、1度目の問い合わせ処理時においては、クエリに基づき取得・整形したデータをTSVファイルに出力し、DBに保存します。
2度目以降の問い合わせ処理時においては、TSVファイルを1度目の処理時に保存したDBからロードするだけで利用できるため、前バージョンまでと比べて、参照時の処理パフォーマンスが大幅に改善しました。
2. データの取得処理と、取得されたデータの参照系処理の分離によるプログラムの大幅な簡略化
3. 一元管理されたビューワーにおける同一のデザインコンセプトや機能追加・不具合修正の適用
本機能が導入されたビューにおいては、全て同一のデザインポリシーが適用されているため、異なるクエリの処理結果に対応するビューであっても、別のビューで一度参照系機能を利用していれば、直感的に利用でき、イメージがつきやすい機能となっております。
さらに、ビューワー上の機能追加は今後も実施していく予定ですが、その際追加された機能は全てのビューワーに導入されることになります。

直近2年のオントロジーエントリーのトレンドランキング参照機能

トップページ

テキストマイニングデータの件数推移分析による、直近2年のオントロジーエントリー(Gene, Disease, Chemical, Taxonomy, Function)のトレンドランキングページを追加しました。当該のページはトップページの「Main Menu」タブの「Trend of 2019-20’ PubMed Data」リンクから参照できます。

Tissue関連Species specific expression リスト機能

Tissue Details ページ

当該の組織臓器における遺伝子発現データが生物種(Human, Mouse, Rat, Zebrafish, Rhesus monkey)ごとに横に並べてリストされます。当該のリストはTissue Details ページの「Species specific expression」タブにて参照できます。

トップページのメニューに新機能「Workflow」を追加しました。

Workflow

1 データベース検索・データ操作部品を組み合わせて、任意処理を構築可能
1.1 遺伝子・蛋白質の検索:各種ID・カテゴリ・EC番号・PDBIDなど
1.2 化合物検索:構造、MoA/Function・Action Typeなど
1.3 アノテーション情報や活性値データ収集
2 フィルタ機能
2.1 化合物の活性予測に対応する部品も準備
2.2 処理手順の保存・再利用・共有機能
2.3 処理検索結果はすべてJob Historyに保存、処理結果の保存・再利用も容易

ワークフローで化合物構造のファイルからの読み込み機能でSMILESファイル(Daylight SMILESの文字列)からの読み込みに対応しました。

Workflow

拡張子でファイル型を判別します
1 MOLファイルの場合「.mol」
2 SDファイルの場合「.sdf」
3 SMILESファイルの場合「.smi」

ワークフローにBlastP/DeltaBlast/RPS Blastを利用した類似たんぱく質検索用の部品を追加しました

Workflow【Search similar proteins found by Blast, DeltaBlast and RPS-Blast】

ChEMBL Single Protein Targetとして登録されているたんぱく質とSwissProt全件の類似性がLSKBのデータベースに保持されており、そこから検索することができます

ワークフローにPossum/CDHit掲載の類似たんぱく質検索用の部品を追加しました

Workflow【Search similar proteins by both Blast and Possum】

化合物一覧表に分子量などのプロパティを格納した際、ElpisMapアプリケーションに投入する連携部品を追加しました

Workflow【Generate TSV file, for ElpisMap/scatterPlot application

トップページのメニューに新機能「ElpisMap」を追加しました

ElpisMap

・一般的に利用される「散布図」を拡張したElpisMap描画機能を搭載
・散布図に「カテゴリ分類」「カテゴリ重心描画」「重心移動描画」を組み合わせた解析が可能
・LSKBのWorkflow機能と連携:化合物と活性値の関連性・傾向分析に利用可能
・ユーザ様自身のデータ:タブ区切り形式のテキストファイルとして入力可能

変更・更新
統合アッセイDBのアッセイターゲットの表示にターゲットタイプの表記を追加しました。

アッセイターゲットの表示ページ

Taxonomy Details ページの「Assay」タブのリストを、当該のTaxonomyをOrganismターゲットとするデータのみに絞り込むよう機能を更新しました。

Taxonomy Details ページ

統合オントロジーDBのエントリーのDetailsページにキーワード検索から遷移した時に、ページの上部に検索クエリのタームの表示を追加しました。

統合オントロジーDBのエントリーのDetailsページ

統合オントロジーDBのエントリーのDetailsページにて代表名がテキストマイニング非対象の時、その旨の表示を追加しました。

統合オントロジーDBのエントリーのDetailsページ

化合物キーワード検索結果ページのビューを刷新しました。結果ページでは各ターム毎に紐づく構造エントリーをConfidence Scoreを参照しながら選択することができます。

化合物キーワード検索結果ページ

疾患エントリーと化合物エントリーのDetailsページの「GO Ranking」タブに「GO Term」カラムを追加しました。

疾患エントリーと化合物エントリーのDetailsページ

機能用語オントロジーエントリーのDetailsページの「Synonyms」タブのテーブルにデータソースを表すカラムを追加しました。

機能用語オントロジーエントリーのDetailsページ

各ページの「Array Experiment」の表記を一律「Gene Expression」に変更しました。

各Detailページ

OFF-Xとの連携解除に伴いアプリ内でのアイコン及びリンクを除去しました。

対象ページ

化合物構造検索の検索対象データベースは、LSKB7.0の化合物DB向けに更新しました。

データベース

ワークフローの複数の化合物の取得のプロセス(例えば部分構造検索とIDによる構造収集)を組み合わせる場合に、それらの検索でHitした共通化合物のみを取り出すためのIntersect機能を追加しました

Workflow【Intersect hits by LSKB ChemID】

ワークフローのサーバ保存機能を追加・強化しました

Workflow

不具合修正

文献多段階フィルター検索ページにて、「Tissue」及び「Function」タブの中のエントリーを選択した際にエラーが発生する不具合を修正しました。

文献多段階フィルター検索ページ

テーブルデータをフィルターする際に、ポップアップ表示される入力エリアの崩れたレイアウトを修正しました。

対象ページ