top of page

Gene ID to Expression Explorer

遺伝子リストから 変動した遺伝子が類似した発現実験を探索します。

LSKBに搭載している公共発現実験(GDS, ArrayExpress)をマイニングします。
入力したGene IDに発現実験で変動した遺伝子との一致により 類似した発現実験、関連疾患、処置した化合物を探すことができます。
結果は次の要素のテーブルで出力されます。
・Accession:発現実験のID
・Title:発現実験のタイトル
・Description:記述
・Tissue:発現実験の記載内容からテキストマイニングによる関連組織
・Disease:発現実験の記載内容からテキストマイニングによる関連疾患
・Chemical:発現実験の記載内容からテキストマイニングによる化合物名
・Count:入力した遺伝子と実験の発現変動遺伝子の一致数
Similarity:Tanimoto Score
Score:遺伝子発現実験の独自類似性スコア

検索に利用するクエリーと例
【Entrez Gene IDリスト】
80332
163486
57628
4589
94103
サンプルクエリーデータ
download-document-icon-15.jpg
bottom of page